UNSULTRA didirikan pada tanggal 9 Juli 1986 dengan Akte Notaris Nomor 15 Tahun 1986. Mendapatkan  keputusan Koordinator Kopertis Wilayah IX No.222 tahun 1987 tanggal 18 Mei 1987, tentang persetujuan sementara untuk menyelenggarakan kegiatan akademik dan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan  RI No.0480/0/1989 tanggal 1 Agustus 1989, tentang Pemberian status Terdaftar. Awalnya membina  5 (lima) fakultas yaitu: Fakultas Teknik, Fakultas Pertanian, Fakultas Hukum, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik,  dan Fakultas Ekonomi.

Dengan dibukanya Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan pada tahun 2017, UNSULTRA saat ini membina 6 (enam) fakultas dan 7 (tujuh) program studi Strata Satu (S1), yaitu Teknik Sipil, Teknologi Hasil Pertanian, Ilmu Hukum, Ilmu Pemerintahan, Manajemen, PGSD dan PG-PAUD, dan sementara mengusulkan 1 program pasca sarjana yaitu Ilmu Hukum, 7 (tujuh) program sarjana: Pertambangan, Perencanaan Wilayah dan Kota, Agribisnis, Kewirausahaan, Sosial Ekonomi Perikanan, Pendidikan Matematika, Pendidikan IPA  dan 1 (satu) program vokasi D-3 Manajemen Pemasaran.

UNSULTRA adalah suatu perguruan tinggi swasta yang menyelenggarakan pendidikan Tinggi, yang diasuh dan dibina oleh Yayasan Pendidikan Tinggi Sulawesi Tenggara, milik Pemerintah Daerah Provinsi Sulawesi Tenggara dan ketua yayasan adalah gubernur (ex-oficio).

Mulai tahun 2014 telah melakukan pembenahan di berbagai bidang seperti pembangunan gedung perkantoran tingkat universitas dan fakultas serta gedung laboratorium dengan berbagai fasilitasnya seperti jaringan internet. Di bidang peningkatan kualitas SDM UNSULTRA telah melakukan peningkatan pendidikan, pelatihan melalui kerjasama dengan berbagai pihak.  Dengan adanya kemajuan yang dicapai dalam 4 tahun terakhir UNSULTRA kini telah menempati urutan ke-22 di Kopertis Wilayah IX dan urutan ke 338 dari 4000-an perguruan tinggi di Indonesia.

Jumlah  mahasiswa saat ini adalah 2.238 orang, dosen  82 (64 orang S2, 18 orang S3). 6 orang sementara menyelesaikan S3. Jumlah tenaga kependidikan adalah 40 orang.