Badan Penjaminan Mutu (BPJM) Universitas Sulawesi Tenggara merupakan unit pelaksana yang bertanggung jawab atas pengembangan, pelaksanaan, evaluasi, dan pengendalian sistem penjaminan mutu akademik di lingkungan universitas. BPJM berperan penting dalam memastikan seluruh proses pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat berjalan sesuai dengan standar nasional pendidikan tinggi serta visi dan misi Unsultra. Melalui audit mutu internal, monitoring evaluasi berkala, serta pembinaan program studi dan unit kerja, BPJM berkomitmen mendorong budaya mutu yang berkelanjutan demi peningkatan kualitas institusi secara menyeluruh.